PSI-BLAST - это алгоритм, который ищет оптимальные выравнивания для группы гомологов путем итераций. Найденные гомологи используются для поиска снова, и поиск выполняется с составлением матриц PSSM (позиционныx матриц весов). Здесь вес замены аминокислотного остатка зависит от полученного множественного выравнивания гомологов. Поиск PSI-BLAST был выполнен для белка с ID Q47404, из E.Coli. Для составления семейства гомологов этого белка было выполнено четыре итерации PSI-BLAST.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 26 | WP_000575412.1 | 0.0 | XP_002590897.1 | 1.4 |
| 2 | 27 | WP_008763331.1 | 0.003 | WP_005383800.1 | 0.011 |
| 3 | 28 | WP_005383800.1 | 0.004 | WP_009883280.1 | 0.005 |
| 4 | 30 | WP_009883280.1 | 0.004 | WP_009661218.1 | 0.006 |
| 5 | 30 | WP_009883280.1 | 0.004 | WP_009661218.1 | 0.006 |
|
| Как видно из Рис.1 количество консервативных участков, давольно большое, что говорит о родсве структур |