Парные выравнивания белков


В результате применения скрипта evolve_protein.pl были получены следующие мутанты белка UVRB_BACSU:

Полученные мутанты были выровнены с исходным белком. Рис. 1-3 показывают выравнивание, в определенных позициях.

Мутант 1Мутант 2Мутант 3
Остатки с 329 по 348.Остатки с 366 по 385.Остатки с 376 по 395.
Фрагмент последовательности белка - сверху, мутированный фрагмент - снизу

Информация о мутантах белка

МутантИдентичностьСходствоВес по BLOSUM62
125%40%13
235%45%11
370%70%60

Для составления выравнивания последовательности белка UVRB_BACSU с последовательностями двух его ортологов был составлен fasta файл со всеми тремя последовательностями. Для выравнивания использовалась функция Web services => Alignment => Muscle with default. Получилось тройное выравнивание. Далее были составлены fasta файлы, содержащие выровненные последовательности белков попарно.

С помощью команды infoalign была получена информация об этих выравниваниях:

Тройное выравнивание, с окраской ClustalX. Окрашены те участки, где совпадают хотя бы две аминокислоты разных последовательностей
Аминокислотные остатки с 365 по 384