| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка) | |||
| Accession | P37954 | 2D7D | NP_391397 |
| E-value | 0.0 | ||
| Вес (в битах) | 3485 | ||
| Процент идентичности | 100 | ||
| 2. Число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) | 319 | 10 | 5391 |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Accession | Q47VS0 | 2Z0M | XP_003996631 |
| Номер находки в списке описаний | 1037 | 61 | 19 921 |
| E-value | 0.99 | 0.64 | 0.99 |
| Вес (в битах) | 36.2 | 74 | 96 |
| Процент идентичности | 33 | 38 | 30 |
| Процент сходства | 56 | 52 | 45 |
| Длина выравнивания | 85 | 53 | 109 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Белок: 428-511 Гомолог: 432-513 | Белок: 491-543 Гомолог: 262-309 | Белок: 445-552 Гомолог: 410-513 |
| Число гэпов | 4 | 5 | 6 |
Как видно из таблицы, "самым лучшим" гомологом для данного белка является сам UVR_BACSU во всех трех случаях (Swiss-Prot, PDB и nr).
В банке nr был найден 5391 гомолог с e-value < 1e-10, в SwissProt 319, а в PDB всего 10.
Количество "хороших" гомологов значительно ниже в банке PDB, так как кристаллографическая структура получена ндалеко не для всех белков.
Соответственно, в nr мы получили наибольшее число гомоологов, так как данная база использует GenBank CDS translations, Swiss-Prot, PDB, PIR и SEQDB.
| Лучшие эукариотические находки для UVRB_BACSU | |||
| Swiss prot | PDB | "nr" | |
| Название белка | ATP-dependent RNA helicase dbp3 | carboxyl-terminal domain of mRNA exporter Dbp5p | excinuclease ABC subunit B |
| Accession | Q7S5R1 | 2KBF | BAM79644 |
| E-value | 2e-07 | 8e-08 | 0.0 |
| Процент идентичности | 33 | 35 | 50 |
| Процент сходства | 56 | 54 | 67 |
| Длина выравнивания | 97 | 96 | 654 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Белок: 421-517 Гомолог: 426-522 | Белок: 449-543 Гомолог: 39-134 | Белок: 4-654 Гомолог: 227-871 |
| Число гэпов | 0 | 1 | 12 |
| |
| Из рисунков видно, что E-value прямопропорционален локальному сходству, приписываемому аминокислотным последовательностям | |