Для этого, соответсвенно, был использован SRS. Поиск был проведен по базе данных RefSeq_DNA (release),
форма запроса - Standart Qeury Form. В форме соответствующим образом были заполнены поля Organism Name - Saccharomyces cerevisiae и Molecule - DNA. Ниже приведены результаты поиска хромосом (16):
REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218
REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184
REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620
REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933
REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874
REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161
REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940
REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643
REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888
REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751
REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816
REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177
REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431
REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333
REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291
REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066
Поскольку я 31-й в списке, то мне досталась 16-я хромосома (1+15):
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI.
Параметры данной хромосомы:
Пройдя по ссылке Text Entry, был получен полный текст записи RefSeq. С его помощью на данной хромосоме были найдены гены,
удовлетворяющие соответствующим заданию требованиям. Результаты приведены в следующей таблице:
Пример гена, который... | Описание |
...находится на прямой цепи и не имеет интронов | SAM3 (CDS 22938..24701) ![]() |
...находится на обратной цепи и не имеет интронов | PAU22 (CDS 7933..8427) ![]() |
...находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон | RPL43A (CDS join(654166..654167,654571..654847) ![]() |
...находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон | PHO85 (CDS complement(join(492018..492918,493021..493037))) ![]() |
Так как я не нашел соответствующий мне белок в таблице, был использован один из резервных белков (UVRB_BACSU) из Hirschia baltica, с которым я, кстати, проводил уже работу в предыдущих семестрах.
Чтобы узнать информацию от гене, кодирующем этот белок, в Putty была введена команда entret sw:P37954. Был получен txt-файл с нужной информацией про UVRB_BACSU.
Чтобы найти участок, была использована следующая команда: entret embl:M80473. Был получен следующий txt-файл
С помощью команды seqret -sask был вырезан участок, кодирующий белок. Соответсвующий fasta-файл.