Нуклеотидные банки данных

Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS

Для этого, соответсвенно, был использован SRS. Поиск был проведен по базе данных RefSeq_DNA (release), форма запроса - Standart Qeury Form. В форме соответствующим образом были заполнены поля Organism Name - Saccharomyces cerevisiae и Molecule - DNA. Ниже приведены результаты поиска хромосом (16):

	REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
	REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
	REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
	REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
	REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
	REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
	REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
	REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
	REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
	REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
	REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
	REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
	REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
	REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
	REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
	REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066

Поскольку я 31-й в списке, то мне досталась 16-я хромосома (1+15): Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI.

Параметры данной хромосомы:


Пройдя по ссылке Text Entry, был получен полный текст записи RefSeq. С его помощью на данной хромосоме были найдены гены, удовлетворяющие соответствующим заданию требованиям. Результаты приведены в следующей таблице:

Пример гена, который...Описание
...находится на прямой цепи и не имеет интронов
SAM3 (CDS 22938..24701)



...находится на обратной цепи и не имеет интронов
PAU22 (CDS 7933..8427)



...находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон
RPL43A (CDS join(654166..654167,654571..654847)



...находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон
PHO85 (CDS complement(join(492018..492918,493021..493037)))



Получение последовательности, кодирующей заданный белок

Так как я не нашел соответствующий мне белок в таблице, был использован один из резервных белков (UVRB_BACSU) из Hirschia baltica, с которым я, кстати, проводил уже работу в предыдущих семестрах.

Чтобы узнать информацию от гене, кодирующем этот белок, в Putty была введена команда entret sw:P37954. Был получен txt-файл с нужной информацией про UVRB_BACSU.

Чтобы найти участок, была использована следующая команда: entret embl:M80473. Был получен следующий txt-файл