Поскольку я 31-й в списке студентов, поиск был проведен по этой последовательности.
Используя алгоритм megablast, по базе Reference genomic sequences (refseq_genomic) была найдена соответствующая запись. Ниже приведена информация о ней и скриншот:
 |
С помощью команды infoseq sw:m*_human -only -name -desc -out file_name.txt получим файл с белками человека, название которых начинается с буквы М.
Дальнейшую же работу будем вести с одним из этих белков: MTPN_HUMAN, Myotrophin (Protein V-1). Для получения его полной последовательности использовалась команда: seqret sw:mvp_human -auto.
fasta-файл
Затем по полученной записи был проведен поиск гомологов у (Loxodonta africana) - африканского слона. Лучшая находка:
Так как я снова не нашел себя в списке, а, для Hirschia baltica невозожно получить файл с полным геномом ни с сервера, ни с SRS,
в этой части практикума работа велась с Pseudoalteromonas_atlantica, одним из резервных организмов.
fasta-файл с одной из его тРНК (вырезана).
Поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку, т.е. Alteromonadaceae: