При помощи команды define JMol были заданы следующие множества атомов:
- Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы
- Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты
- Множество атомов азота в азотистых основаниях
Был получен скрипт, который сначала выдает всю структуру, затем только ДНК в проволочной модели, а затем цветными шариками выделены атомы входящие в вышеперечисленные множества.
Затем были исследованы контакты белка с ДНК в структуре 1TRO. Результаты, полученные при помощи скрипта, приведены в таблице
и на рисунках ниже.
Полярные контакты.
Неполярные контакты.
| Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы |
4 |
41 |
45 |
| остатками фосфорной кислоты |
54 |
48 |
102 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
7 |
28 |
35 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
4 |
4 |
С помошью команды nucplot в Putty можно получить популярную схему контактов ДНК с белком в виде файла ps.
nucplot 1TRO_old.pdb
Как видно из рисунка, наибольшее количество контактов с ДНК имеет Gln68. Мне кажется, что одним
из важных контактов является контакт с Arg69, так как связь с нуклеотидом а не с сахарофосфатным остовом.
Визуализация данных контактом посредством JMol:
2)Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.
Предскажем вторичную структуру тРНК 2CV1 несколькими способами:
- С помощью программы find_pair пакета 3DNA
- С помощью программы einverted пакета EMBOSS
- С помщью алгоритма Зукера
Программа einverted и алгоритм Зукера работают с последовательностям в формате
fasta. Программа einverted требует задать некоторые параметры, такие как штраф за гэп, очки за совпадения и несовпадение и т. п.
Для лучшей работы программы все урацилы были заменены на тимины. Программа имеет следующую выдачу:
Для построения структуры алгоритмом Зукера использовалась онлайн-версия программы. Получили данные о структуре:
Сравним полученные результаты:
| Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5'-901-907-3'
5'-966-972-3'
Всего 7 пар |
Не найдено |
Не найдено |
| D-стебель |
5'-949-953-3'
5'-961-965-3'
Всего 5 пар |
Не найдено |
Предсказано 5 пар из 5 реальных |
| T-стебель |
5'-910-913-3'
5'-922-925-3'
Всего 4 пары |
Не найдено |
Предсказано 5 пар из 5 реальных |
Не найдено
| Антикодоновый стебель |
5'-939-944-3'
5'-926-931-3'
Всего 6 пар |
Не найдено |
Не найдено |
| Общее число канонических пар нуклеотидов |
4 |
0 |
3 |