Алгоритмы реконструкции деревьев.
Укоренение и бутстреп.

Укоренение в среднюю точку

Дерево семи выбранных видов бактерий, построенное Jalview по фактору инициации трансляции 2 (IF2) с использованием алгоритма Neighbour joining tree using blosum62. Для того, чтобы укоренить это дерево в среднюю точку, использовалась программа retree пакета Phylip. Укоринением в среднюю точку, мы принимаем гипотезу о молекулярных часах, для построения графа с различной длиной ветвей. Исходное и полученное деревья были визуализированы в MEGA.

Исходное дерево Укорененное в среднюю точку дерево






Использование внешней группы

Деревья, построенные методом "Maximum parsimony" невозможно укоренить в среднюю точку Воспользуемся укоренением с помощью внешней группы, используя в качестве внешней группы белок того же семейства из кишечной палочки (E.Coli). Для этого добавим к к файлу с невыровненными последовательностями белков фирмикут последовательность белка из кишечной палочки, после чего выровнять их вместе.
Полученный fasta-файл.

Выравнивание было проведено в Jalview с помощью MUSCLE.
Полученное выравнивание.

Последнее выравнивание откроем в MEGA. Укоренить построенное методом максимальной экономии дерево в ветвь, ведущую к ECOLI, можно с помощью команды Subtree, Root.

Неукорененное дерево с внешней группой. Укорененое дерево с внешней группой.

Бутстрэп

Бутстрэп-анализ филогении белков отобранных бактерий можно провести в MEGA (использовался метод Neighbour Joining). В "Test of Phylogeny" выбираем "Bootstrap method", а число реплик устанавливаем равным 100. Итог:
Original tree Bootstrap consensus tree









Полученные деревья "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличаются. Заметим, что в предыдущем практикуме метод "Neighbour Joining" дал не совсем верные деревья, а построенные тем же методом, но с бутстрэп-анализом филогении деревья дают правильное построение.