Мой номер в списке 32й, но UniProt по этому идентификатору выдавал белок без EC, поэтому я взял
для определенности самый последний ID, т.е. 57й - Q9NZJ5.
E2AK3 - человоческий фермент,
участвующий в инициации трансляции.
EC=2.7.11.1
2 - класс трансфераз, 2.7 - трансферазы, работающие с соединениями, содержащими фосфорные группы,
2.7.11 - белково-сериновые/треониновые киназы.
Катализируемая данным ферментом реакция:
ATP + a protein = ADP + a phosphoprotein
В SRS по базе данных SwissProt был проведен поиск числа ферментов человека с близкими функциями. Ниже список с запросом и числом находок:
Проведем в UniProt поиск белков класса гидролаз среди белков мыши (Mus musculus).
Ниже предоставлена некоторая информация о находках:
Список AC и EC найденных белков
и их последовательности в формате fasta.
Далее список с числом соответствующих находок, в порядке усиления специфичности поиска по EC:
После этого был проведен бласт белка Q9NZJ5 против сформированной базы белков
с EC 2.* из Mus musculus с помощью команд:
makeblastdb -in 1.fasta -out db -dbtype prot
blastp -query protein.fasta -db db -out blast.out -evalue 1
В выходном файле получили огромное число находок - 1737,
но достоверной можно считать лишь одну, крайне сильно отличающующся от остальных (e-value=0.0, score=1900).
Некоторая информация об этом белке:
Q9Z2B5, E2AK3_MOUSE, EC=2.7.11.1, e-value=0,
Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3, EC=2.7.11.1, e-value=0.