Дан белок Q2YJ82 (VIRB11) из Brucella abortus (strain 2308), который принадлежит к системе секреции типа IV.
Описание функций белка в базе Gene ontology (GO) приведено в таблице:
| GO ID | Название | Онтология | Описание |
| GO:0006810 | Транспорт | Биологический процесс | Направленное движение веществ (таких как макромолекулы, небольшие молекулы, ионы) внутрь, наружу, в пределах клетки, между клетками, а также в многоклеточном организме, происходящее посредством транспортеров или пор. |
| GO:0009405 | Патогенез | Биологический процесс | Набор определенных процессов, которые позволяют организму вызывать болезнь в другом |
| GO:0000166 | Связывание нуклеотида | Молекулярная функция | Связывание нуклеотида со сложным фосфоэфиром нуклеозида, содержащего пуриновые и пиримидиновые основания, через рибо- или дезоксифосфат. |
| GO:0005524 | Связывание АТФ | Клеточный компонент | Избирательно и нековалентно взаимодействуя с АТФ, аденозин 5'-трифосфат является универсально важным регулятором коэнзима и фермента |
| GO:0005737 | Цитоплазма | Клеточный компонент | Все содержимое клетки и другие субклеточные структуры, кроме плазматической мембраны и ядра |
Cистемы секреции IV типа гомологичны системам конъюгации бактерий и используются рядом
грамм-отрицательных бактерий, вызывающих болезни растений и животных. Используются для
различных биологических процессов, включая обмен генетическим материалом с другими бактериями
и транслокацию онкогенных ДНК. Данный белок состоит из 12 белков.
С помощью BLAST SEED
был произведен поиск белка с параметрами e-value = 1e-80,
number of regions = 100, region size = 16000 пар оснований в геноме Brucella abortus.
Нашлись 13 ортологов. Наблюдается консервативность
участков в разных группах организмов.
Чтобы рассмотреть более широкую окрестность гена праметр region sixe был изменен на 30000.
В узкой окрестности сразу видны гены других белков системы секреции,
в более широкой же окрестности обнаруживаются гены белков с совершенно другими функциями.
В файле формата XLS
представлена информация о встречаемости каждого гена во всех 13 окрестностях (первая картинка),
а также их принадлежность к той или иной подсистеме. Были удалены гены, встречающиеся 1-2 раза,
и гены, кодирующие гипотетические белки.
Как вижно из таблицы, выданный белок VirB11 - один из
самхы частвовстречаемых (13). Также можно отметить, что общих подсистем нет.
К тому же были получены белковые
последовательности интересующих нас ортологов, которые
были выравнили с помощью Muslce в Jalview и получили соответствующий файл
в формате JAR (покрасшено в ClustalX).