PDB файле указаны следующие элементы вторичной структуры:
Они показаны на рисунке ниже (желтым - спирали, фиолтеовым - листы):
Далее при помощи Stride
было получено описание вторичной структуры, а также картинка с разметкой вторичных структур
Теперь на каком-нибудь конкретном примере сравним имеющуюся информацию из файла PDB, с полученной с помощью Stride.
| Вторичная структура | Начало в PDB | Начало в STRIDE | Конец в PDB | Конец в STRIDE | Вывод |
| Спираль | 18 | 19 | 29 | 28 | Небольшая разница в краевых остатках |
| Спираль | 127 | 140 | 126 | 139 | Небольшой сдвиг в краевых остатках |
| Тяж | 32 | 37 | 30 | 38 | Небольшая разница в краевых остатках |
| Тяж | 108 | 111 | 108 | 111 | Полное совпадение |
Отличий, грубее, чем на один краевой аминокислотный остаток найти не удалось. Таким образом, STRIDE отлично справился с задачей, возможно даже,что лучше, чем авторы структуры. Можно заметить, что например в первом случае показанную как одну спираль в файле PDB, страйд разделил на две (красная и синяя), вероятно, одна является продолжением другой.
Ниже приведен пример выдачи бета-листа сервисом Sheep (один столбик соответствует одному хребту бета-тяжа (сrest)):
Выбранный бета-лист в структуре с PDB-кодом 1vi9 показан желтым на изображении ниже:
Бета-лист (выделен желтым) с хребтом 1 (Lys3, Ala31) (С?-атомы которого выделены также желтым, но в виде больших сфер):
Остатки листа, обращенные к гидрофобному ядру показаны серым, а в гидрофильную сторону красным:
Схема водородных связей (|) трех тяжей этого листа показана ниже:
Полная карта водородных связей.