Мне достался пуриновый репрессора из E. coli с PDB 1JFS.
В данной структуре записан мономер белка, связанный с одной цепочкой ДНК.
Для восстановления димера была использована команда symexp (красный):
Ниже представлена поверхность области контакта белка с ДНК (Белок показан проволочной моделью):
Показана поверхность области контакта между субъединицами 1jfs.
Области контакта белка с ДНК. Белок показан проволочной моделью. Днк - в модели sticks.
Затем с помощью Clud на интрерфейсе мономеров были найдены гидрофобные кластеры с минимальным размером 10 атомов.
