Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam


Работа как обычно проводилась для структуры 1vi9.
SCOP для всей цепи выделяет только один домен. Это класс Alpha and beta proteins (a/b), Ribokinase-like fold. .

В случае Pfam домен снова один, с 51 по 268 остатки: Phos_pyr_kin (Phosphomethylpyrimidine kinase).

Теперь отметим непосредственно в структуре эти два варианта выделения домена:


На рисунках выше приведены изображения доменов Scop (синим) и Pfam (фиолетовым) с двух разных ракурсов. Отдельно желтым цветом выделен несоотнесенный с доменом pfam участок. На рисунке справа можно заметить, что N и С-концы белка раположены очень близко (желтым). Причем домен Pfam выделяет область белка, расположенную дальше от места контакта субъединиц. ECOD и CATH почему-то вообще отказались выдавать домены для данной структуры.