Для получения последовательностей белков, структура которых была решена с помощью электронной микросокпии на сайте PDB
был проведен расширенный поиск (advanced search), куда был выставлен экспериментальный метод Electron microscopy.
Таким образом было определено 924 последовательности собранные в одном fasta-файле, который можно
скачать.
Далее было проведено сравнение списка структурных гомологов PDBeFold и jFATCAT для моего белка 1vi9.
jFATCAT
было найдено 15 хитов, в то время как в
PDBeFold61.
Причем стоит отметить, что FATCAT выдает больше эволюционно более далеких белков: в то время как на первых нескольких
страницах выдачи PDBeFold большинство хитов - мутантные формы моего белка.