В качестве модели снова была выбрана структура пиродоксаминкиназы (PDXY_ECOLI). Идеинтификатор PDB:
1VI9
В поле CRYST1 соответствующего PDB-файла можно найти следующую запись-описание элементарной ячейки кристалла:
CRYST1 53.383 92.592 122.237 90.00 99.42 90.00 P 1 21 1 8
Первые 3 числа обозначают длины сторон ячейки в Å (а, в и с соответственно,
они же - направляющие векторы кристалла), следующие 3 - углы между ними (моноклинная), далее идет кристаллографическая группа P 1 21 1.
Последнее число обозначает количество молекул в ячейке - 8.
Чтобы восстановить по симметрии соседнюю ассиметрическую единицу в PyMOL воспользуемся командой symexp:
symexp sym, 1vi9, 1vi9, 3
Изображение молекул соседних ячеек
сессия в PyMol
С помощью набора команд было получено
изображение, на котором показаны водородные связи между белком и его соседними ячейками.
(Для удобства будем считать, что взаимодействия центральной ячейки с 6 ассиметрическими
единицами являются "идентичными" и рассмотрим взаимодействия только с одной единицей).
Синим покрашен белок одной ячейки, зеленым - соседней. Желтым пунктиром отмечены водородные связи.
Белым покрашены аминокислоты, которые находятся на расстоянии не менее 3.5.
Водородных связей несколько десятков, некоторые из которых симметричные.
Взаимодействие между белком центральной ячейки и соседней (Gln-65 и Ile-172 соседних ячеек).
Показанные взаимодействия между соседними ячейками играют важную роль в формировании
периодической структуры кристалла. Однако в природе такие взаимодействия скорее всего не характерны.
Была найдена область гидрофобных контактов. Для этого использовались
команды:
Асимметрическая единица покрашена синим, белок соседних ячеек - зеленым.
Также была проанализирована структура
3HDD
комплекса гомеодоменового белка с ДНК Drosophila melanogaster
Она имеет разрешение 2.2 A. На рисунке ниже представлено изображение
комлекса и соседних ячеек. Можно увидеть (после восстановления соседней ячейки), что цепь белка B
взаимодействует не только с ДНК в своей ячейке, но и с соседней.
С помощью команд для отображения водородных связей
пунктиром были отмечены водородные связи между цепью B белка и ДНК из соседней ячейки:
