Построение и визуализация электронной плотности


Для структуры 1VI9 был получен файл со структурными факторами.

Данные об измеренных структурных факторах начинаются со строки "loop_", в столбец идут названия колонок, а далее - измеренные величины (одна строчка = один измеренный структурный фактор). Была получена excel таблица с таблицей структурных факторов.

Первые три числа обозначают идентификатор кристалла, длину волны рентгеновского излучения, использованного в эксперименте, и scale_group_code – в данном случае, все три параметра инвариантны для всего набора структурных факторов. Следующая тройка чисел – ”координаты” каждого рефлекса – параметры h, k, l.

Поле Status содержит описание рефлекса, то есть был ли он (не сам рефлекс, но соответствующий ему структурный фактор) использован при оптимизации структуры (o - optimisation) или нет (f - free). Если для рефлекса не удалось получить значения структурного фактора, то ставится флаг x.

Для данной структуры, из 68028 измеренных структурных факторов, 3450 (5%) были использованы для контроля, а 64578 (95%) – для оптимизации модели (optimisation).

Последующие поля представляют собой значения структурных факторов (измеренные и посчитанные по модели), их стандартные отклонения и фазы (рассчитанные по модели). В файле можно найти примеры неизмеренных структурных факторов, которые соотвествуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l Присутствует в файле.

Ниже представлен фрагмент файла, в котором пропущены тройки: