- Последовательность белка OXDC_BACSU в формате FASTA:
>sp|Q45071|OXDC_BACSU oxalate decarboxylase
MKKQNDIPQPIRGDKGATVKIPRNIERDRQNPDMLVPPETDHGT VSNMKFSFSDTHNRLEKGGYAREVTVRELPISENLASVNMRLKPGAIRELHWHKEAEW AYMIYGSARVTIVDEKGRSFIDDVGEGDLWYFPSGLPHSIQALEEGAEFLLVFDDGSF SENSTFQLTDWLAHTPKEVIAANFGVTKEEISNLPGKEKYIFENQLPGSLKDDIVEGP NGEVPYPFTYRLLEQEPIESEGGKVYIADSTNFKVSKTIASALVTVEPGAMRELHWHP NTHEWQYYISGKARMTVFASDGHARTFNYQAGDVGYVPFAMGHYVENIGDEPLVFLEI FKDDHYADVSLNQWLAMLPETFVQAHLDLGKDFTDVLSKEKHPVVKKKCSK - Длина последовательности - 385 аминокислотных остатков.
- Молекулярная масса белка OXDC_BACSU - 43499 а.е.м. Расчет произведен в книге Credit2.xls на странице MW_oxdC.
- Аминокислотный состав белка OXDC_BACSU:
Наиболее встречаемая аминокислота: Glu(34). Наиболее редкая: Cys(1). Расчет произведен формулой СЧЕТЕСЛИ, в книге oxdC_Bacsu.xls на странице aa_frequencies,см. также сводную таблицу на странице aa_table.
- Средний электрический заряд молекулы белка: -11e. Расчет см.в книге Credit2.xls на странице charge_oxdC.
- Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis,
а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии.
I группа - явно гидрофобные а.о.
II группа - явно гидрофильные а.о.
III группа - остальные а.о.
Вывод: белок OXDC_BACSU вероятнее всего немембранный, потому что его диаграмма отличается от диаграммы мембранного белка. То есть соотношение между частотами встречаемости аминокислот разных классов гидрофобности моего белка и мембранного белка отличаются: в мембранном белке преобладают гидрофобные аминокислотные остатки, а в моем больше гидрофильных. См. страницу HPhob_comparison в книге oxdC_Bacsu.xls
- График профиля гидрофобности аминокислотных остатков. Данный график исследует фрагменты длиной
20 аминокислот, показывая изменение гидрофобности объекта. При построении таблицы, из которой был составлен график, использовалась
функция СУММА с относительным адресом ячеек. См. также книгу oxdC_Bacsu на странице HPhob_profile.
- Распределение длин белков в Bacillus subtilis. Длина моего белка OXDC_BACSU 385 аминокислотных остатков. Поэтому он относится к третьему диапозону длин, т.е. к группе белков с длиной 300-400 аминокислоных остатков. Длина OXDC_BACSU больше, чем средняя длина этого диапозона. Длину 300-400 а.о. имеют всего 938 белков.См.книгу oxdC_Bacsu.xls на странице prot_length.
на книгу oxdC_Bacsu
на книгу Credit2
©Джумашев