Таблица. Измерение торсионных углов остатка PRO10 в белке OXDC_BACSU, цепь А

Название
двугранного
угла		 Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи		 Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. GLN9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. PRO10:A.N (азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  3. PRO10:A.CA (альфа-углерод 10-го остатка цепи А)
  4. PRO10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
 Ni - C&alphai -76,14
ψ
  1. PRO10:A.N (азот 10-ого остатка цепи A)
  2. PRO10:A.CA (альфа-углерод 10-ого остатка цепи А)
  3. PRO10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А)
  4. ILE:11:A.N (азот аминогруппы 11-ого остатка цепи A)
 C&alphai - Ci 70,83
ω
  1. PRO10:A.CA (альфа-углерод 10-ого остатка цепи А)
  2. PRO10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А)
  3. ILE11:A.N(азот 11-ого остатка цепи A)
  4. ILE11:A.CA (альфа-углерод 11-ого остатка цепи А)
 Ni - Ci+1 -179,90

Изображение торсионного угла φ


Карты Рамачандрана для всех а.о., для Gly, для Pro, для альфа-спиралей и бета-тяжей

Карта Рамачандрана позволяет определить торсионные углы характерные для различных аминокислотных остатков. Причем, для большинства аминокислотных остатков характерны углы Phi в промежутке от -170 до -30 и углы Psi в промежутках от -60 до 30 и от 90 до 180. А для остатков Gly значения угла Phi более менее сконцентрированно в промежутках [-120;-60] и [60;100](конечно имеются отхождения), значения Psi разбросаны на всей области, но наиболее часты на промежутках [-180;-120] и [-30;30]. Для остатков Pro характерны значения Phi находящиеся почти строго промежутке от -90 до -45, значения Psi в двух промежутках: от -45 до 0, от 120 до 180.
Значения углов для альфа-спиралей и бета-тяжей достаточно сильно сконцентрированы в промежутках. Альфа-спирали: для Phi [-120;-45], Psi [-60;0]; Бета-тяжи: для Phi [-165;-90], Psi [90;180]. Однако нельзя точно указать какую вторичную структуру имеет белок.

Ссылка на книгу Excel, на скрипт Exercise12