на главную страницу

Исследование вторичной структуры заданного белка

Структурные элементы белка

  • Количество альфа-спиралей - 12
  • Количество бета-тяжей - 35
  • Количество бета-поворотов - 45
    Этот белок является бета-белком т.к. в нем преобладают бета-складки, бета-повороты, альфа-спиралей всего 12 и они все на поворотах.

    Для исследования выбраны элементы вторичной структуры:
  • α-спираль PRO A 176 - GLY A 185
  • Самая длинная пара соседних антипараллельных β-тяжей: ALA A 258 - VAL A 264; LEU 329 - PHE A 335, ALA A 246 - Gly A 241
  • β-поворот PRO A 276 - GLU A 280

    Исследование выбранной альфа-спирали

    Паттерн H-связей: H(176;180), H(177;181), H(178;182), H(179;183), H(180;184), H(181;185) т.е. обобщенный паттерн - H(n,n+4). Есть H(176;179) - неподходящий под обобщенный паттерн.Атомы Cβ выделяются из символического цилиндра, собранного остовом α-спирали. На рисунке это отчетливо видно т.к. Cβ-атомы покрашены красным имеют шариковую форму

    Исследование антипараллельных бета-тяжей

    Паттерны водородных связей между бета-тяжами 1,2,3.

    Тяж 1(241-246) Тяж 2(264-258) Тяж 3(329-335) Паттерн H-связи
    -------------------- k m+6 H(335;258), H(258;335)
    i+5 k+1 -------------------- H(246;259), H(259;246)
    -------------------- k+2 m+4 H(333;260), H(260;333)
    i+3 k+3 -------------------- H(244;261), H(261;244)
    -------------------- k+4 m+2 H(331;262), H(262;331)
    i+1 k+5 -------------------- H(242;263), H(263;242)
    -------------------- k+6 m H(329;264), H(264;329)

    Обобщенные паттерны водородных связей имеют вид: H(x-2n,y+2n), H(y+2n,x-2n) - для первого и второго тяжа, для второго и третьего тяжа. (где X - номер а.о., атом O которого задействован в связи, Y - номер а.о., атом N которого задействован в водородной связи, n - натуральное число в выбранном тяже от 1-3). То что значение изменяются по два, говорит об очередности аминокислот(через одну они соединены водородными связями). А то, что одни значения увеличиваются, другие уменьшаются говорит об антипараллельности бета-тяжей.
    Из картинки видно, что Сβ-атомы выходят из плоскостей бета-тяжей, с углами
    приближенными к прямым.

    Исследование реверсивного поворота

    Выбранный Сβ-поворот — Asp247Ser248Thr249Asn250Phe251Lys252Val253. Этот поворот скрепляющих водородных связей не имеет.

    Остовная модель реверсивного поворота Только атомы остова поворота в проволочной модели с
    раскраской по атомам. Показаны водородные связи
    H(247;251) и H(247;250). Обе связи скрепляют этот поворот.
    на скрипт Helix.spt