на главную страницу

PSI-BLAST

1. Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку SwissProt для MINC_ECOLI, SSRP_ECOLI, RP5M_RHIME, OXDC_BACSU

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 5 162 0,005 0,005 885 2e-05 0,16
SSRP_ECOLI P0A832 2 514 3e-10 5,4 514 5e-31 0,35
RP5M_RHIME P17265 4 15 0,005 0,12 25 8e-15 0,025
OXDC_BACSU O34714 (5) 17 0,004 0,006 (369) (0,004) (0,006)

Изменения значения E-value у самой лучшей находки RP5M_RHIME и средней - Y400_STACT(P47995), после первой итерации RP5M_RHIME этот белок показал E_value 0,001

ID белка AC белка 1 2 3 4
RP5M_RHIME P17265 2e-110 5e-62 2e-60 2e-57
Y400_STACT P47995 0,001 5e-49 9e-54 6e-53

2. Поиск с измененным порогом E value

Таким образом, результатом данного практикума было проанализировать на сходимость белки. Мой белок OXDC_BACSU не сошелся даже после 5 итераций при пороге 0,001, хотя при обьчном поиске BLAST я находил очень небольшое количество гомологов. Белок же MINC_ECOLI - сходящийся после 3 итераций при пороге 0,001. Кроме того, проанализированы значения e_value для находок(лучшей и средней): для лучшей находки e-value увеличивается с каждой последующей итерацией, а для среднестатистичекой находки уменьшается, сначало резко, а потом незначительно.

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 3 155 0,001 0,001 188 3e-10 0,001
OXDC_BACSU O34714 (5) 12 8e-04 0,001 (318) (0,001) (0,002)