Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

1. Описание доменной структуры моего белка по данным Pfam

№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка OXDC_BACSU	Клан
1	PF00190	Cupin_1	"Семейство доменов названо от cupa - (лат.) термин, обозначающий маленькие баррель. Это семейство представляет сохраненные cupin-баррели, содержит 11S и 7S белки ядерного хранения в растении, является основным источником азота для реакций"	50-192	Клан Cupin (CL0029) содержит 35 семейств. С неизвестной функцией - 12 семейств: cupin_2, cupin_3, cupin_4, Cupin_5, DUF1255, DUF386, DUF1637,DUF1479, DUF1498, DUF1637, DUF1971, CsiD(предполагаемая ф-я)
2	PF00190	Cupin_1	-||-||-||-	228-366	-||-||-||-

2. Представленность домена PF00190 в организмах разных видов

В организмах 426 видов встречаются белки с выбранным доменом, 235 видов эукариот, 183 бактерий и 8 архей

Наиболее широко представлен этот домен в белках тех организмов, которые нуждаются в продукции азота, т.е. в растениях. Чуть менее распространен в белках грибов.

3. Представленность изучаемого домена PF00190 в белках Bacillus subtilis

Домен представлен в бактерии в двух белках, которые являются явными гомологами. Белок OXDD_BACSU является, наверно, самым близким для моего белка, неоднократно встречался при выполнении заданий на выравнивания.

4. Доменные перестройки

Домен PF00190 (Cupin_1) может встречаться в различных комбинациях с другими доменами (чаще всего в количестве двух), на любом из концов, часто в сочетании с другими доменами из клана cupin.

Cupin_1 x 2, Vicilin_N (7 последовательностей) | Q9AU64_ELAGV:
rve, RVT_2, Cupin_1 (1 последовательность) | A5B2M3_VITVI:
Cupin_1 x 3 (1 последовательность) | A2XZQ4_ORYSI:
Cupin_2, Cupin_1 (4 последовательности) | A8NVA5_COPC7:
Cupin_1, Cupin_2 (4 последовательности) | B2VWS2_PYRTR:

5.Экспортированный файл в формате msf | seed.msf

6. Сравнение описание мотивов

1. Самые короткие мотивы: SM00835 = PF00190(Cupin_1), описан в базах данных Smart и Pfam.

2. Cамые длинные мотивы: RmlC_like_cupin(IPR011051, SSF51182) - Superfamily database и RmlC-like_jellyroll(IPR014710, G3DSA:2.60.120.10) - Cath.

3. Structural Features(хар-ки) и Structural Predictions(предсказание)

4. Границы структурных мотивов: разнятся незначительно