- Выравнивание с помощью Muscle и редактор GeneDoc
После получения картинки с последовательностями сложно что-то сказать о выравниваниях, потому что их довольно сложно разглядетьв неупорядоченной последовательности. Конечно, редактор окрасил те консервативные(функционально консервативные) участки в файле delta.fasta, которые находятся друг над другом, но нельзя говорить в этом случае о выравнивании т.к. это скорее случайное немеханическое действие, на деле консервативных позиций больше. Когда же мы смотрим на полученный результат в файле delta_aligned.fasta (можно перевести и в формат .msf-GeneDoc'у не принципиально) мы видим действительно выравненные последовательности.
- Выравнивание гомологов OXDC_BACSU
- Выравнивание с помощью mafft и edialign
В этом задании я сделал два выравнивания. В первом случае я строго придерживался условию заданий (taxonomy:bacteria, E value:0.001, database:Swissprot) и получил лишь один гомолог, зато явный. В итоге множественное выравнивание превратилось в парное.
Файлы: Две последовательности, Выравнивание, файл .list
Во второй раз я задал следующие параметры поиска: taxonomy:-, E value:0.001, database:Swissprot. В итоге получил немного больше предполагаемых гомологов.
Файлы:Несколько последовательностей, Выравнивание множественное, файл формата .list