Создание паттерна по выравниванию семейства белков

1. Описание

Рибосомальный белок S6 - один из белков малой субъединицы. Известно, что в E.coli S6 известен связыванием вместе с S18 с 16S рРНК. Группы схожих последовательностей:
* Eubacterial S6.
* Red algal chloroplast S6.
* Cyanelle S6.
Паттерн: G-x-[KRC]-[DENQRH]-L-[SA]-Y-x-I-[KRNSA]

Число удачных хитов (последовательностей)	276
Число ошибочно внесенных	8
Число невнесенных фрагментов последовательностей (по причине того что это фрагмент)	2
Точность	97.18 %
Чувствительность	38.02 %

2. Создание паттерна для семейства белков Bacillales (порядок)

Выборка белков семейства: RS6_BACAN, RS6_BACSU, RS6_GEOKA, RS6_LISMO, RS6_STAA1, RS6_STAES.
Выборка контрольная таксон Proteobacteria: RS6_ACIAC, RS6_ACIAD, RS6_ACIB5, RS6_ACIBS, RS6_ACIBT, RS6_ACIBY.
Выравнивание

Созданный паттерн: [DE]-W-G-K-R-R-L-A-Y-E-I-N-[DK]
Данный паттерн является наиболее удачным, т.к. увеличенные на один слева и справа паттерны не изменяют результата. Поиск по этому паттерну привел к 42 хитам, в отличие от 47 хитов, согласующихся с исходным паттерном в таксоне Bacillales.
Список белков соответствующие новому паттерну
Cписок белков соответствующих старому паттерну
Таблица отличий
Различающиеся белки: RS6_OCEIH, RS6_GEOSW, RS6_BREBN, RS6_BACSK, RS6_BACHD