Алгоритмы реконтрукции филогении

Занятие 3

1. Укоренение в среднюю точку

Укоренение в среднюю точку привело к совершенно неверному дереву. Укоренение произошло в ветвь {STAA1,STAES} vs {BACAN,BACSU,THETN,STRP1,LACDA,PEDPA}.
Оригинальное дерево укореняется в ветвь {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,LACDA,PEDPA,STRP1} vs {THETN}.

2. Использование внешней группы

Укоренение произошло в ветвь {RPOZ_STRP1} vs {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,LACDA,PEDPA,THETN}, что тоже не соответствует оригинальному дереву.

Отсутствует ветвь	Присутствует ветвь
{BACAN,BACSU,STAA1,STAES} vs {LACDA,PEDPA,STRP1,THETN}	{STAES,STAA1,LACDA,PEDPA} vs {STRP1,BACSU,BACAN,THETN}
{LACDA,PEDPA,STRP1} vs {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,THETN}	{BACSU,BACAN,THETN} vs {STAA1,STAES,LACDA,PEDPA,STRP1}

Совпадающих нетривиальных ветвей - 3

3. Бутстрэп

CONSENSUS TREE:
  +-----------------------------------------------RPOZ THETN
  |
  |                                       +-------RPOZ BACSU
  |               +------------------99.5-|
  |               |                       +-------RPOZ BACAN
  |               |
  |       +--95.3-|               +---------------RPOZ LACDA
  |       |       |       +--38.8-|
  |       |       |       |       |       +-------RPOZ ECOLI
  |       |       |       |       +--99.0-|
  |       |       +--44.2-|               +-------RPOZ STRP1
  +-------|               |
          |               |               +-------RPOZ STAES
          |               +----------99.2-|
          |                               +-------RPOZ STAA1
          |
          +---------------------------------------RPOZ PEDPA

Итоговое дерево, полученное бутстрэп-анализом филогении, также довольно сильно отличается от оригинала. Отличие от оригинального дерева

Отсутствует ветвь Присутствует ветвь

{BACAN,BACSU,STAA1,STAES} vs {LACDA,PEDPA,STRP1,THETN} {LACDA,STRP1} vs {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,THETN}

{LACDA,PEDPA} vs {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,STRP1,THETN} {LACDA,STRP1,STAA1,STAES} vs {THETN,BACAN,BACSU,PEDPA}

{LACDA,PEDPA,STRP1} vs {BACAN,BACSU,STAA1,STAES,THETN} {BACSU,BACAN,LACDA,STRP1,STAES,STAA1} vs {THETN,PEDPA}

Совпадающих нетривиальных ветвей - 2. Результат ухудшился.
©Джумашев