на главную страницу
Занятие 7
1. Файлы координат и топологии
Исходный файл - box_38.gro.
Файлы: et.gro, et1.gro, 1.ndx
Файл et.top был исправлен с 38 на 1.
2. Параметры контроля температуры
Вам даны 5 файлов с разными параметрами контроля температуры:
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Использовался единый скрипт - t.bash
Получено 5 pdb файлов et_be.pdb, et_vr.pdb, et_nh.pdb, et_an.pdb, et_sd.pdb.
Кроме того получено 5 файлов с информацией о потенциальной и кинетической энергией: et_be_en.xvg, et_vr_en.xvg, et_nh_en.xvg, et_an_en.xvg, et_sd_en.xvg
3. Анализ результатов
Анализ pdb визуально показал следующие особенности.
Метод Берендсена - этан вращается вокруг связи C-C и поворачивается относительно вертикальной оси.
Метод "Velocity rescale" - Этан начинает вращаться по всем направления, будто его атомы "ударились" в броуновское движение.
Метод Нуза-Хувера - этан вращается только вокруг оси связи С-С.
Метод Андерсена - заметно меняется для связи С-С в этане, вращений как таковых не было.
Метод стохастической молекулярной динамики - опять же хаотично двигается этан, с вращением и изменением длины связи.
Ниже представлена графики с распределениями длин связей и изменениями энергии
| Метод |
Энергия |
Длины связей |
| Метод Берендсена |
 |
 |
| Velocity rescale |
 |
 |
| Метод Нуза-Хувера |
 |
 |
| Метод Андерсена |
 |
 |
| Метод стохастической молекулярной динамики |
 |
 |
Метод Нуза-Хувера наиболее отвечает требованию распределения по Больцману, плюс он показал вполне адекватное для воспроиятие динамику в pdb.
©Джумашев