Lipid

Занятие 8

В этом отчете будет содержаться только лишь описание тех действий, которые были сделаны. Файлы: дополнительной топологии для липида DPPC(dppc.itp) параметры для липидов (lipid.itp),координаты одного липида (dppc.gro), файл-заготовка топологии системы (b.top), файл параметров для минимизации энергии (em.mdp), файл параметров для "утряски" воды (pr.mdp,pr.mdp), файл параметров для молекулярной динамики (md.mdp) были скинуты в рабочую директорию в корне. Затем была создана ячейка с 64 липидами, добавлена вода, проведена оптимизация знакомой командой grompp, проведена утряска воды. Полученные файлы конвертировались в pdb формат. Моделирование запустили на супер компьютере skif. ID=155778.