Практикум 3
1. Статья «Structure of Oxalate Decarboxylase from Bacillus subtilis at 1.75 A Resolution» доступна через сервис sci-hub.
2. Было отобрано 7 гомологов, преимущественно выбирались ферменты в чистом виде, с шагом схожести Evalue в один порядок. К сожалению ни для одного из них не было данных по SCOP и CATH, поэтому данная графа отсутствует в таблице.
3.
a) Биологический результат статьи достаточно тривиален: отчет о получении пространственной структуры оксалат декарбоксилазы. Данный фермент существует, по крайней мере был выделен и очищен, как гексомер. В каждом мономере были найдены два домена, которые принадлежат к семейству доменов cupin, и участвуют в образовании одного сайта связывания с Mg2+. Подчеркивается схожесть строения доменов данного фермента с аналогичными в оксалат оксидазе, и находятся отличия, описан активный центр.
b) Разрешение 1,75 A
с) Фазовая проблема решена самым распространенным методом – MAD (Multi-wavelength anomalous dispersion), когда пользуются эффектом аномальной дисперсии на различных длинах волны.
d) Количество измеренных структурных факторов - 57039
e) R-factor: 0.176, R-free: 0.197
f) Статья: Biochemistry 2002, 41, 7659-7669 Anand, Dorrestein; pdb id:1J58
g) Никаких отличий в выравнии не найдено.
Файл с выравниванием (полученным Jalview)