Поиск гомологичных белков для Stress response kinase A

Параметры при использовании BLAST:

• 1. Поиск только по swiss-prot
• 2. Максимальное количество выводимых последовательностей(max target sequence) - 100
• 3. Ограничение на E-value(expact threshold) - 0,05
• 4. Word size - 5(при его изменении вывод не поменялся, поэтому в итоговом отчете использовала 5)

Эти и другие базовые вводимые параметры наглядно представлены на фотографиях ниже.

Текстовая выдача из BLAST: 🌸Файлик

Выравнивание белков: 🌸Файлик

Все скачанные белки гомологичны исходному, что видно из выравнивания(весь выровненный участок 1-318 колонки можно назвать консервативным). В выравнивании большая часть колонок консервативны, отсутсвуют гэпы.

Вирусный полипротеин

• ID: GAG_GALV
• AC: P21416
• Название вируса: Gibbon ape leukemia virus (GALV)
• Фрагмент(зрелый белок):Matrix protein p15, [2..125]

Параметры при использовании Blast такие же, как при поиске для Stress response kinase A, за исключением требуемого в задании поиска сначала по всем опрганизмам, а потом по вирусам.

Самые большие консервативные участки 1-69, 171-217, 224-361. Из выравния видно, что все находки являются гомологичными.

Последовательность зрелого белка: 🌸Файлик

Текстовая выдача из BLAST: 🌸Файлик

Выравнивание: 🌸Файлик

При поиске по вирусам количество находок снизилось с 60 до 58, а также снизились значения E-value. Найдем долю вирусных белков поделив значения E-value нескольких вторых находок, на такие же, но при первом запросе.

• Доля вирусных белков для P21416.3: 7е-87/2е-85 = 0,035
• Доля вирусных белков для P21414.2: 2е-82/4е-81 = 0,005
• Доля вирусных белков для P03330.4: 2е-75/4е-74 = 0,005

Среднение значение доли вирусных белков из этих трех находоок - 0,015