🌸Назад

Протеом

Референсный протеом

В поиске по виду Chromobacterium phragmitis по запросу (taxonomy_id:2202141) референсных протеомов не было найдено.

Поэтому я воспользовалась поиском по роду Chromobacterium, запрос: (taxonomy_id:535), нашлось несколько референсных протеомов в том числе UP000001424, который я решила использовать в задании.

Команда для скачивания протеома: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000001424)' -O UP000001424.swiss.gz

Анализ протеома

Оценка количества ферментов в протеоме

  • В UniProtKB: Поисковый запрос: (proteome:UP000001424) AND (ec:*), количество результатов: 1192

  • В Bash: Команда: zgrep 'CATALYTIC ACTIVITY' UP000001424.swiss.gz| wc -l, количество результатов: 958

    • Результаты могут отличаться из-за того, что некоторые белки могут содержать несколько кодов EC, в UniProt они будут считаться несколько раз, а в баше 1.

    Пептидазная активность

    Бактерии рода Chromobacterium продуцируют различные соединения, в частности пигмент виолацеин. В исследованиях сказано, что Chromobacterium violaceum обладают патогенной активностью. Я предположила, что это может быть связанно с пептидазами(протеазами), ферментами расщепляющими пептидные связи. Поэтому я решила проверить в протеоме количество белковых соединений с пептидазной активностью и посмотреть к каким типам они могут относиться

  • Подсчет всех пептидаз:
    • zgrep -c "PEPTIDASE" UP000001424.swiss.gz Вывод: 125

  • Подсчет сериновых пептидаз:
    • zgrep -c "GO:0008236" UP000001424.swiss.gz Вывод: 4

  • Подсчет цистеиновых пептидаз:
    • zgrep -c "GO:0008234" UP000001424.swiss.gz Вывод: 4

  • Подсчет треониновых пептидаз:
    • zgrep -c "GO:0004298" UP000001424.swiss.gz Вывод: 1

  • Подсчет металлопептидаз:
    • zgrep -c "GO:0008237" UP000001424.swiss.gz Вывод: 12

    Подробнее о GO: Gene Ontology (GO) - универсальная система классификации функций генов и белков. В ней :

  • Сериновые пептидазы: GO:0008236 (serine-type)
  • Цистеиновые пептидазы: GO:0008234 (cysteine-type)
  • Треониновые пептидазы: GO:0004298 (threonine-type)
  • Металлопептидазы: GO:0008237 (metallo-type)