Парное выравнивание белков
Таблица 1. Глобальное парное выравнивание трёх пар белков
| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | %Identity | %Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aspartokinase 3 | AK3_BACSU | AK3_ECOLI | 358.5 | 26.7% | 43.6% | 65 | 18 |
| Homoserine kinase | KHSE_BACSU | KHSE_ECOLI | 278.5 | 26.0% | 44.3% | 49 | 12 |
| Serine acetyltransferase | CYSE_BACSU | CYSE_ECOLI | 366.5 | 28.2% | 37.4% | 120 | 8 |
Таблица 2. Глобальное парное выравнивание трёх пар белков
| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | %Identity | %Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aspartokinase 3 | AK3_BACSU | AK3_ECOLI | 360.5 | 27.3% | 44.4% | 57 | 16 | 94,7% | 94,7% |
| Homoserine kinase | KHSE_BACSU | KHSE_ECOLI | 281.5 | 27.8% | 47.1% | 30 | 9 | 93,8% | 98,4% |
| Serine acetyltransferase | CYSE_BACSU | CYSE_ECOLI | 383.0 | 48.8% | 64.2% | 2 | 2 | 95,9% | 66,4% |
Я считаю, что у исследуемых белков точно есть гомологичные участки. О гомологичности белков по всей длине труднее сделать вывод. Локальное выравнивание более информативно для белка "Serine acetyltransferase"
Множественное выравнивание белков
Для выравнивания была выбрана мнемоника AK3(Aspartokinase 3).
- Полное имя белка из ECOLI: Lysine-sensitive aspartokinase 3
- Количество найденных белков: 3661
- Выбраны для выравнивания: AK3_ECOLI; KAD3_HUMAN; E2AK3_BOVIN; AK1C3_PONAB; AK3_BACSU; KAD3_BOVIN; KAD3_MOUSE
- Файл проекта с выравниванием: 🌸Файлик
Выравнивание делалось с помощью программы MAFFT. Команда: mafft --maxiterate 100000 --localpair filename1.fasta > filename2.fasta
Я думаю, что белки сложно назвать гомологичными в получившемся выравнивании, потому что в нем очень большое количество инделей. Самые большие консервативные участки: 134-143 и 166-178