Парное выравнивание белков

Таблица 1. Глобальное парное выравнивание трёх пар белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	Indels
Aspartokinase 3	AK3_BACSU	AK3_ECOLI	358.5	26.7%	43.6%	65	18
Homoserine kinase	KHSE_BACSU	KHSE_ECOLI	278.5	26.0%	44.3%	49	12
Serine acetyltransferase	CYSE_BACSU	CYSE_ECOLI	366.5	28.2%	37.4%	120	8

Таблица 2. Локальное парное выравнивание трёх пар белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	Indels	Coverage1	Coverage2
Aspartokinase 3	AK3_BACSU	AK3_ECOLI	360.5	27.3%	44.4%	57	16	93,4%	94,0%
Homoserine kinase	KHSE_BACSU	KHSE_ECOLI	281.5	27.8%	47.1%	30	9	91,5%	98,0%
Serine acetyltransferase	CYSE_BACSU	CYSE_ECOLI	383.0	48.8%	64.2%	2	2	98,8%	98,8%

У исследуемных белков точно есть гомологичные участки, о чем говорят высокие значения перекрытий. О гомологичности белков по всей длине трудно сделать вывод, потому что %Identity довольно низкие. Для данных белков локальное выравнивание нельзя назвать более информативным

Выравнивание неродственных белков

Таблица 3. Локальное парное выравнивание неродственных белков

ID1	ID2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	Indels	Coverage1	Coverage2
KS6A3_HUMAN	KS2_STERE	18.1	32.7%	35.1%	159	24	87,6%	76,8%

Таблица 4. Глобальное парное выравнивание неродственных белков

ID1	ID2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	Indels
KS6A3_HUMAN	KS2_STERE	43.5	9.2%	17.3%	778	37

Для выравнивания были выбраны белки KS6A3_HUMAN и KS2_STERE. Локальное выравнивание получилось более информативным, но при этом оба из них имеют большое количество гэпов и невысокий %Identity, поэтому можно сказать что они негомологичны

Множественное выравнивание белков

Для выравнивания была выбрана мнемоника cysE.

• Полное имя белка из ECOLI: Serine acetyltransferase
• Количество найденных белков: 43224
• Выбраны для выравнивания: CYSE_ECOLI; CYSE_BACSU; CYSE_MYCTU; CYSE_LACCA; CYSE_SALTY; CYSE_STAES; CYSE_HELPY
• Файл проекта с выравниванием: 🌸Файлик

Выравнивание делалось с помощью программы MAFFT. Команда: mafft --maxiterate 100000 --localpair filename1.fasta > filename2.fasta

Я думаю, что белки можно назвать гомологичными в получившемся выравнивании. Белки CYSE_ECOLI и CYSE_SALTY имеют значительно большую длину по сравнению со всеми остальнымии. Самые большие консервативные участки: 118-150 и 240-290