δ-субъединица АТФ-синтазы

C использованием файла скачанного в прошлом практикуме *protein.faa. Найден ген, кодирующий данный белок его код XP_038423949.1.

Fasta файл последовательности

В файле формата GBFF по поиску Locus ищем последений локус до нашего протеина - NC_049241.1, находящийся на 20 хромосоме.

Рисунок 1.Белок XP_038423949.1 на 20 хромосоме Canis lupus familiaris. Ген, кодирующий δ-субъединицу АТФ-синтазы NC_049241.1. Красным цветом обознаечны CSD имеющие координаты 58,028,851 - 58,030,467

Разные варианты BLAST для фрагмента ДНК

Я провела сравнение фрагмента ДНК собаки(Canis lupus familiaris) с таксоном пчел(Apoidea). Семейства собачьи и пчелиные достаточно сильно удалены друг от друга, поэтому выдача должна быть интересной. В качестве базы данных в обоих бластах был использован refseq_genomes, по итогу нашлось 38 сборок.

Первый используемый метод - blastn, на мой взгляд он больше подходит для поставленной задаче, потому что рассматриваемые последовательности не являются высокогомологичными.

Рисунок 2.Графическая выдача blastn. Всего найдено 8 находок длинной меньше 100 нуклеотидов. Параметр длины слова я использовала 11.

Второй используемый метод - tblastn, который является менее чувствительным, но работает быстрее.

Рисунок 3.Графическая выдача tblastn. Всего найдено 38 находок длинной от 80 до 200 нуклеотидов. Параметр длины слова я использовала 5.

Разные варианты BLAST для фрагмента ДНК

Индексация последовательности генома c использованием makeblastdb:

 makeblastdb -in "C:\Users\user\Downloads\GCF_011100685.1_UU_Cfam_GSD_1.0_genomic.fna\GCF_011100685.1_UU_Cfam_GSD_1.0_genomic.fna" -dbtype nucl -out meow

Локальный поиск по blast для 1(16s) последовательности:blastn -task blastn -query 1.txt -db meow -outfmt 7 > res1.txt

Локальный поиск по blast для 2(23S) последовательности:blastn -task blastn -query 2.txt -db meow -outfmt 7 > res2.txt

Рисунок 4.Анализ выдачи для 16s РНК(1 в моих заданиях). Две находки соответсвуют одному одному гомологу в геноме NW_023331571.1

Построение карт локального сходства

Для выполнения этого задания мной были выбраны 2 родственных организма Chromobacterium phragmitis и Chromobacterium violaceum. Для построения карт локального сходства были использованы их хромосомные ID GenBank CP029495.1 и соответственно CP069587.1

**Рисунок 5.Графическая выдача blastn.**

**Рисунок 6.Графическая выдача megablast.**

Общий вывод который можно сделать - карты локального сходства отличаются, тк на второй большое количество коротких совпадающих участков, что может свидетельствовать о делециях, основная часть картинки совпадает, что указывает на близкое родство двух организмов.