Для этого практикума я сначала построила выравнивание цитохромов для животных из первого практикума.

Для этого я использовала команды:

• fasta файл с последовательностями белков: seqret @cyb.list cyb.fasta
• выравнивание белков программой muscle: muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Реконструкция в формат, подходящий для FastME:

from Bio import AlignIO inh = open("cyb-alignment.fasta", "r") outh = open("cyb.phy", "w") alignment = AlignIO.parse(inh, "fasta") AlignIO.write(alignment, outh, "phylip-relaxed") inh.close() outh.close()

Теперь проведем реконструкцию:

• в качестве модели p-distance: fastme -i cyb.phy -o p-distance_cyb.phy -pp
• в качестве модели MtREV: fastme -i cyb.phy -o MtREV_cyb.phy -pM

Реконструкция дерева программой IQ-Tree:

• программa iq-tree:: iqtree -s cyb.phy

Получившиеся деревья

Дерево реконструилось практически в точности, за исключением нижней клады, PANTI располагается ближе к FELSI и FELCA, хотя в изначальном дереве это ближайший родственник PANLE.

Дерево реконструилось в точности.

Дерево реконструилось практически в точности, но как и для p-distanse CANLU выглядит как предок для CANAU, хотя это виды имеющие единый род.