Занятие 2.Базы данных UniProt,SRS,MRS

О каких-либо качественных различиях, конечно,говорить не приходится.Для себя отметила следующее:
MRSSRSUniProt
сразу виден не весь текст описания вторичной структуры,при этом сэкономлено много места;остсутсвуют поясняющие графики и диаграммы для вторичной структуры. удобная таблица, описывающая вторичную структуру,наличие поясняющей диаграммы страница не разлинована, текст читается сложнее;ссылки хорошо выделяются на фоне текста; Вторичная структура представлена в виде цветной шкалы. При нажатии на участок цепи открывается страница с аминокислотной последовательностью
Таксоны, начинающиеся на "bacil":
bacillaceae
bacillales
bacillariaceae
bacillariales
bacillariophyceae
bacillariophycidae
bacillariophyta
bacillus
23013 статей описывают белки из рода Bacillus.67277 статей описывают белки рода Firmicutes.
Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
arabinosidase([swissprot-Description:arabinosidase*] & [swissprot-Organism:firmicutes*]) & [swissprot-Taxonomy:firmicutes*]) 6
Glycan metabolism((([swissprot-AllText:Glycan*] & [swissprot-AllText:metabolism*]) | [swissprot-AllText:Glycan metabolism*]) & [swissprot-Taxonomy:firmicutes*])37
Catalyzes the hydrolysis(((([swissprot-AllText:Catalyzes*] & [swissprot-AllText:the*]) & [swissprot-AllText:hydrolysis*]) | [swissprot-AllText:Catalyzes the hydrolysis*]) & [swissprot-Taxonomy:firmicutes*]) 993
L-arabinan degradation((([swissprot-AllText:L-arabinan*] & [swissprot-AllText:degradation*]) | [swissprot-AllText:L-arabinan degradation*]) & [swissprot-Taxonomy:firmicutes*]) 1
Последовательности в формате fasta для первого запроса.

© Акулич Ксения,2010