Занятие 10. Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

1)Доменная структура белка ABNA_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Rfam ID Полное название семейства доменов
(с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка ABNA_BACSU Клан
1. PF04616 Glyco_hydro_43 Семья гликозил гидролаз 43 содержит также арабиназы. Rabinanases гидролизует альфа-1,5-связанных L-арабинофуранозидную основу клеточной стенки.Структура arabinanase Arb43A из Cellvibrio japonicus имеет форму пятилопастного сгиба бета пропеллера. Длинное углубление V-образной формы формирует единственную расширенную связывающую поверхность через основание пропеллера 38-321 Клан B_Fructosidase (CL0143), содержит 6 семейств (DUF377 Glyco_hydro_32N, Glyco_hydro_43, Glyco_hydro_44, Glyco_hydro_62, Glyco_hydro_68) .общее число доменов в клане = 5376.

    2)Характеристика домена Glyco_hydro_43:

  • В домен входит 114 различных архитектур.
  • Последовательность известна для 2547 белков, содержащих домен.
  • Пространственная структура определена для 13 разных белков.
  • Выравнивание "seed" фагментов белков.
  • Я считаю, что получившееся выравнивание достоверно и подтверждает гомологичность доменов. В выравнивании присутствуют участки с консервативными позициями с длиной столбцов не менее 4 остатков и такие участки чередуются.

3)Представленность домена PF04616 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF04616.
Эукариоты Зеленые растения 2
Грибы 0
Животные 1
Остальные эукариоты  
Археи 2
Бактерии 416
Вирусы 0
Домен PF04616 не представлен в таких крупных таксонах, как грибы и вирусы. Среди зеленых растений он представлен 2 видами в типе Stramenopiles (=Ochrophyta Heterokontophyta,Heterokont) -тип хромистов,включающий бурые, золотистые и желто-зеленые водоросли.В империи животных домен представлен в царстве простейших (Protista) видом Reticulitermes speratus.

Представленность домена PF05270 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF05270.
Эукариоты Зеленые растения 0
Грибы 0
Животные 7
Остальные эукариоты 35
Археи 0
Бактерии 36
Вирусы 0
Данный домен распространен среди прокариотных организмов, в особенности в типе Firmicutes (к которому, кстати, относится Bacillus subtilis, а исследуемый белок ABNA_BACSU принадлежит этой бактерии)).Распространенность домена в типа доказывает гомологичность белков видов, принадлежащих типу.

4)Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1.PF046165
4 из представленных белков имеют единственный домен PF04616 в архитектуре, белок D4FZV9_BACNA имеет еще один домен (PF03422- Carbohydrate binding module).Домен достаточно крупный , наверное, поэтому он не очень распространен среди белков изучаемой бактерии.Вероятность встретить домен с меньшим количеством остатков-больше!

5)Примеры разных доменных перестроек:

Домен Glyco_hydro_43 (PF04616)
1) Дубликация:
B5JDG9_9BACT :
2)N-концевое положение:
B1XE14_ECODH :
3)Сложная доменная архитектура (есть еще одно семейство гликозил гидролаз):
Q9X3P5_9FIRM :

Домен AbfB (PF05270)
1)Дубликация:
Q08PJ9_STIAU :
2) Сложная архитектура, домен AbfB зажат между другими доменами:
Q6DFL6_XENLA
3)C-концевое положение:
D3C5M8_9ACTO
© Акулич Ксения,2010