1)Поиск мотивов программой МЕМЕ:
Найдено 3 мотива:| Во всех ли последовательностях нашелся? | Координаты в последовательности ABNA_BACSU | P-value ABNA_BACSU | Длина мотива | E-value мотива |
| не нашелся в 1 из 6 (YXIA_BACSU) | 215-236 | 9.48e-22 | 22 | 3.2e-009 |
| да | 104-118 | 7.79e-15 | 15 | 1.1e-006 |
| не нашелся в 1 из 6 (XYLO_PRERU) | 242-262 | 3.66e-20 | 21 | 7.1e-007 |
2)Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
Цветом обозначены участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки:(Взято 7 белков, для 1 задания я исключила белок ABNC_ASPCL,т.к. нежелательно было брать белки из организмов, принадлежащих 1 роду.)
Меня немного смутил мотив, найденный МЕМЕ, имеющий координаты 242-262 (по ABNA_BACSU)
Имеется большой участок с гэпами, консервативные позиции разделены колонками с разными а.к.остатками.Я бы в таком случае взяла участок 243-257.При сравнении бнаружила вот какое интересное обстоятельство:
В задании сказано:"Если мотивы, найденные MEME, оказались не выровнены программой muscle, обязательно отметьте это обстоятельство". В моем случае оказалось совсем наоборот, в выравнивании muscle можно обнаружить больше мотивов, "незамеченных" MEME.Я бы даже отметила, что отличаются они и по качеству ( в первом случае лучше).
3)Поиск найденных мотивов в других последовательностях
Поиск мотивов программой MASTВсего последовательностей 37
1)В 1 белке 1 и 3 мотивы встретились по 2 раза, в 9 последовательностях мотив №2 встречается дважды, в 1 он же встретился 3 раза!Есть такие последовательности, в которых не встретился мотив №3 (их 7).
2)В 29 последовательностях встретились все 3 мотива.
3)Выравнивание, взятое из Pfam,соответствует мотивам, но мой белок обрывается на 282 остатке ,в то время как домен Pfam заканчивается на 321 остатке, т.е. несколько мотивов могли не войти.