Занятие 12.PSI_BLAST

I)Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	список стабилизовался после 7 итерации	162	0.005	0.006	885	1e-04	0.091
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5.6	514	5e-31	0.36
RP5M_RHIME	P17265	4	14	0.001	0.005	25	9e-15	0.14
ABNA_BACSU	P94522	4	31	3е-04	0.006	38	5е-32	0.010

Первая последовательность оказалось самой "капризной",число итераций у нее максимальное,и дизкая достоверность, т.к. ради интереса я провела 8 интерацию, и появились новые записи, список дестабилизировался снова!В общем, я пришла к выводу, что стоит проводить не мнее 3-4 итераций.
E-value:
1)разрыв совсем незначительный, после некоторых итераций значения E-value у худшей находки выше порога и лучшей ниже порога даже совпали!
2)разрыв с последующими итерациями менялся незначительно
3)разрыв увеличился
4)разрыв уменьшился

II) Я провела поиск для последовательности белка MINC_ECOLI:список стабилизировался после 2 итерации. В данном случае был значительно ужесточен параметр E-value (сокращен до 0,001), т.е. сузились рамки поиска, поэтому и результат получила более точный.