Занятие 8.Множественное выравнивание последовательностей

1)Множественное выравнивание вирусных белков,"малых дельта-антигенов"

Обозначения: розовым цветом помечены столбцы с процентом консервативных остатков 100%, зеленым - 80%, голубым - 60%. Цифры сверху выравнивания означают номера столбцов, справа - номера последних остатков каждой последовательности, снизу - функционально консервативные позиции. Также снизу отмечены большими буквами консервативные остатки, малыми - консервативные остатки в столбцах, где их процент от 80% до 100%. Звездочки сверху показывают каждый десятый столбец.

2) Набор белков:

sw:ABNA_BACSU
sw:ABNB_EMENI
sw:ABNA_ASPFN
sw:YXIA_BACSU
sw:YAGH_ECOLI
sw:XYLO_PRERU
sw:ABNC_ASPCL
Множественное выравнивание белков, гомологичных ABNA_BACSU:

Участки с повышенной долей консервативных позиций: 74-93 столбцы (43-60 остатки),146-203 столбцы (104-153 остатки), 221-250 столбцы (160-191 остатки), 326-365 столбцы (225-257 остатки)
Участки, скорее всего не имеющие биологического смысла:28- 52 столбцы, 204-217 столбцы,241-277 столбцы,380-389. Группы аминокислот, образующие функционально консервативные позиции: DN, EQ, ST, KR, FYW, LIVM. Чаще всего встречается группа FWY. При добавлении группы DE (аспаргат и глутамат) появляются новые функционально консервативные позиции.