Занятие 9.Паттерны и профили

1)Паттерны по множественному выравниванию и поиск по паттернам в банке данных Swiss-Prot:


Для полчучения картинки я изменила ширину блока, исследуемый участок оказался в начале новой строки выравнивания, скопировала, импортировала в paint и там же выделила нужный фрагмент (154-165 столбцы).
Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности QYYNGKYWLYYS 1 только последовательность моего белка
Сильный [SRQIH]-[YLK]-[AHYIRV]-[DSNG]-[GD]-[KLRT]
-[FY]-[WY]-[LVMC]-[LY]-[YF]-[TCNS]		 7 6 белков из 7 в выравнивании совпадают, отличается белки ABNA_ASPFN(из выравнивания) и ABNA_ASPAC(в выдаче)
Слабый -x(5)-[YLK]-x(5)-[DSNG]-[GD]-x(4)
-[FY]-[WY]-x(4)-[LY]-[YF]-x(4)		 55 из выравнивания найдены все белки

2)Все мотивы белка ABNA_BACSU (по данным БД PROSITE)^

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site паттерн [RK](2)-x-[ST] неспецифична 1
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн [ST]-x-[RK] неспецифична 4
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}[GistheN-myristoylationsite] неспецифична 8
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site паттерн N-{P}-[ST]-{P} неспецифична 4
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] неспецифична 4
© Акулич Ксения,2010