Задание 3.Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.
Большие и малые бороздки.
Рассмотрен 30-ый аденин цепи В В-формы ДНК:
- атомы С6,N1,N3,N6 обращены в сторону большой бороздки
- атомы С8,N7,N9 обращены в сторону малой бороздки.
В А-форме направление атомов совпадает с направлением их в В-форме,однако угол наклона остатка относительно положения всей спирали изменился.
В Z-форме,представленной основаниями С и G, аденин отсутствует
Основные спиральные параметры разных форм ДНК:
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16.81 (G) | 17.21 (G) | 7.20 (G) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 7.98 (A) | 11.69 (A) | 18.30 (C) |
Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.
| α (P-O5') | β (O5'-C5') | γ (C5'-C4') | δ (C4'-C3') | ε (C3'-O3') | ξ (O3'-P) | χ (C1'-N) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| А-ДНК | 64.08o | 174.80o | -74.80o | -159.31o или -161.74o | -111.81o | 171.47o | 22.77o |
| В-ДНК | 85.87o | 136.38o | 31.10o | -100.70o или -92.80o | 113.37o | -138.11o | -34.35o |