Программы пакета BLAST

1)Поиск гомологов белка ABNA_BACSU в геноме P. polymyxa

Число находок с E-value < 0,001	5
E-value лучшей находки	4e-103
Название последовательности с лучшей находкой	Paenibacillus polymyxa SC2,complete genome
Координаты лучшей находки	979752-980708
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой	99.3

2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

а)Запись EMBL: EM_PRO:CP000100
б)координаты : 2299219 - 2299398, координаты заданной последовательности комплементарны записи
в)в поле FT описан участок,включающий данную послдовательность, это ген rplC (продукт- 50S ribosomal protein L3) ,направление относительно записи - обратное.

3. Поиск гомологов гена программой BLASTN

Число находок с E-value < 0,001	1
E-value лучшей находки	4e-57
Название последовательности с лучшей находкой	embl\|CP002213\|CP002213 Paenibacillus polymyxa SC2,complete genome
Координаты лучшей находки	980087-980684
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой	47

По сравнению с поиском по белковой последовательности, нашелся 1 гомологичный участок, но e-value ниже и длина меньше.

На страницу 3 семестра
На главную страницу