Геномные браузерыBLAST/BLAT : 4 возможности ввести данные, большое количество организмов, по которым можно вести поиск, можно устанавливать параметры ("чувствительность" поиска).На выход подается удобная таблица:приводится информация о расположении в хромосоме, конец и начало последовательности,Score,E-val,%ID,Length.Параметры таблицы можно изменять. К тому же прилагается изображение расположения гена в хромосоме.Я думаю,это удобно и наглядно.Для каждой найденной последовательности есть полезные ссылки.В том числе,если в таблице задать параметр "Contig",то также появятся ссылки для каждой находки. Интересной для меня стала возможность изучать контиги:можно дигаться по участку хромосомы в разных направлениях, выбирать нужную последовательность. Можно выделить определенную область и программа выдаст ссылку, по которй можно узнать об участке:прилагается описание (кстати,эта ссылка вывела меня на интересную статью в PubMed,в которой рассказывается о дублированиях и удалении генов,вовлеченных в адаптивное фенотипичное дифференцирование людей и шимпанзе!) тип данных,локализация,размер, ссылки на возможные структурные вариации. На мой взгляд,очень полезной ссылкой является Downloads в основном интерфейсе (даются советы и ссылки на сайты и программы с помощью которых можно извлекать и скачивать отдельные участки генов,хромосом, небольшие последовательности FASTA). Удобно и то, что ген можно найти по названию. Имеется такая интересная штука,как блог.Много интересной информации,объединяет людей по всему миру ,позволяет делаться новостями науки,своими исследованиями и открытиями.На главной странице есть данные о последних релизах и новостях блога. NCBI: очень структурированный, в принципе можно действовать по стандартной схеме и прийти к нужным результатам, все достаточно логично. UCSC:перегружен текстом и ссылками.Возможно,все они полезны в зависимости от цели,но сразу разобраться сложно. Vega:в базе данных только позвоночные животные,я думаю, в таком браузере было бы удобно работать с геномом человека. Сайт достаточно компактный,все понятно и удобно, меньше ссылок и другой дополнительной информации, в общем,ничего лишнего. |