Самостоятельная работа по аннотированию участка генома

Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).

Фрагмент генома S.pneumoniae из заданной записи EMBL с заданным началом, длиной 7000 нуклеотидов
Полный протеом B. subtilis получен из Swiss-Prot командой seqret sw:*_BACSU
Команда для создания индексных файлов: makeblastdb -in bs_proteome.fasta -dbtype prot -out bbs
Извлечение открытых рамок: getorf -sequence fragment.fasta -outseq orf.orf -minsize 240 -find 1 -table 11
Поиск сходных последовательностей программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001: blastp -query orf.orf -db bbs -out bblala -evalue 0.001 -outfmt 6
Файл EXCEL содержит информацию обо всех открытых рамках считывания в данном фрагменте генома
4)Информация только для тех открытых рамок, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность:

Рамка	начало во фрагменте	конец во фрагменте	направление	число сходных последовательностей	идентификатор белкa	E-value
AAGY02000001.1_10	6999	6313	обратное	5	YUGS_BACSU	4e-33
AAGY02000001.1_12	5665	2018	обратное	1	RPOB_BACSU	0.0
AAGY02000001.1_13	2018	3	обратное	1	RPOC_BACS	0.0

Схематическое положение открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis.

3'---[<=RPOC,3-2018][<= RPOB,2018-5665]----------[<= YUGS,6313-6999]-----5'

5'-----------------------------------------------------------------------3'

Все предполагаемые гены данного фрагмента расположены на одной из комплементарных цепей.Перекрывание генов белков RPOB RPOC происходит на 1 нуклеотид. на 1 нуклеотид
6)

Индентификатор белка	начало	конец
YUGS_BACSU	3216163	3217452
RPOB_BACSU	121919	125500
RPOC_BACSU	125562	129161

Гомологичные им гены в геноме B. subtilis также расположены на одной из коплементарных цепей, за исключением гена белка YUGS_BACSU
Взаимное расположение гомологичных генов в геноме B. subtilis,схема:

3'---[<=RPOB,121919-125500]--[<= RPOC,125562-129161]-------------------------------5'
5'-----------------------------------------------------[=> YUGS, 3216163-3217452]--3'

При сравнении 2 схем видно, что гены белков RPOB RPOC "поменялись" местами, перекрывания не происходит совсем,даже имеется небольший участок в 61 нуклеотид между генами. Можно сказать, что расположение генов белков RPOB RPOC является консервативными, расстояние между генами очень маленькое, возможно, они входят в состав 1 оперона и выполняют сходные или взаимно зависимые функции.

На страницу 3 семестра
На главную страницу