Банк EMBL1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRSДата последнего проиндексированного релиза EMBL: 8 сентября 2011 года.Количество записей - 71833235 записей. Cписок классов ("Data Class") банка EMBL
CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag
GRV: Genome Reviews
GSS: Genome Survey Sequence
HTC: High Throughput cDNA sequencing
HTG: High Throughput Genome sequencing
MGA: Mass Genome Annotation
PAT: Patent
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard
STS: Sequence Tagged Site
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
WGS: Whole Genome Shotgun
Классы, проиндексированные SRS для последнего релиза EMBL,и число записей в них:
gss 32578894
htc 533398
htg 145701
pat 22346593
std 11737741
sts 1322285
tsa 3168623
Не проиндексированы записи классов: CON,EST,GRV,MGA,SET,WGS.Cписок разделов ("Divisions") банка EMBL: ENV Образцы среды 6637887 FUN Грибы 2219095 HUM Человек 10687844 INV Беспозвоночные 5906093 MAM Другие млекопитающие 5765536 MUS Mus musculus (мышь) 4779883 PHG Бактериофаги 8082 PLN Растения 17132180 PRO Прокариоты 1467025 ROD Грызуны 1265394 SYN Синтетические 3632878 TGN Трансгенные 265545 UNC Неклассифицированные 7500493 VRL Вирусы 1177936 VRT Другие позвоночные 33873642. Описание гена CSNK2B в записи банка EMBL. FT exon 273962..274192 FT /gene="CSNK2B" FT /number=7 FT CDS complement(join(274102..274192,274520..274709, FT 274856..274931,275374..275489,276058..276160, FT 277125..277196)) FT /codon_start=1 FT /transl_table=1 FT /gene="CSNK2B" FT /product="Casein kinase II beta subunit" FT /note="alternative name: G5a, phosvitin" FT /db_xref="GDB:125235" FT /db_xref="GOA:P67870" FT /db_xref="HGNC:2460" FT /db_xref="InterPro:IPR000704" FT /db_xref="PDB:1DS5" FT /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67870" FT /protein_id="BAB63386.1" FT /translation="MSSSEEVSWISWFCGLRGNEFFCEVDEDYIQDKFNLTGLNEQVPH FT YRQALDMILDLEPDEELEDNPNQSDLIEQAAEMLYGLIHARYILTNRGIAQMLEKYQQG FT DFGYCPRVYCENQPMLPIGLSDIPGEAMVKLYCPKCMDVYTPKSSRHHHTDGAYFGTGF FT PHMLFMVHPEYRPKRPANQFVPRLYGFKIHPMAYQLQLQAASNFKSPVKTIR" FT exon 274520..274709 FT /gene="CSNK2B" FT /number=6 FT exon 274856..274931 FT /gene="CSNK2B" FT /number=5 FT exon 275374..275489 FT /gene="CSNK2B" FT /number=4 FT exon 276058..276160 FT /gene="CSNK2B" FT /number=3 FT exon 277125..277207 FT /gene="CSNK2B" FT /number=2 FT exon 277820..278148 FT /gene="CSNK2B" FT /number=1 FT exon 279023..279187-напрвление гена обратное относительно выбранного для записи -число кодирующих участков - 6 -длина первого кодирующего участка - 91 -длина последнего кодирующего участка -72 -длина первого интрона - 327 -длина последнего интрона - 964 3. Нахождение белка по фрагменту гена Самый длинный кодирующий участок - 190 н. (274520..274709).Он ( в формате fasta ) был вырезан с помощью программы seqret с опцией -sask. Была выбрана программа blastx, которая ищет в белковых базах данных по данной нуклеотидной последовательности. База данных -Swissprot.Программа выдала 56 белков, в том числе и искомый - Casein kinase II subunit beta (Protein G5a)- бета-субъединица казеин киназы II, участок белка : 124-185. 4. Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL Таблица. Записи EMBL, в которых описан ген белка ABNA_BACSU
|