Занятие 10
Эволюция доменной архитектуры
Задание 1. Построение филогенетического дерева выборки последовательностей
Обозначения: 1-однодоменная архитектура, 2-двудоменная, Е-эукариоты, В-бактерии.Дерево было построено алгоритом UPGMA, на оcнове множественного выравнивания и матрицы расстояний, скобочная формула.
Визуализация дерева в MEGA:
.
По данным из базы данных Pfam и реконструкции деревьев можно высказать следующую гипотезу: изначально домен PF00657 (Lipase_GDSL) входил в состав более сложных архитектур, например, приуроченным к трансмембранным фрагментам. В процессе эволюции домен приобрел обособленную каталитическую функцию,что позволило образовывать в соновном однодоменные архитектуры. Действительно,по данным Pfam в 2716 последовательностях из 3198 содержится имеено однодоменная архитектура,характерная для эукариот,эволюционно более продвинутой группе организмов.
Задание 3. Построение профилей
Выравнивание можно разделить на 2 группы :эукариоты и бактерииПрофиль для бактерий,
для эукариот
Данные Excel для построения графиков зависимости
Рекомендуемый порог:18
Рекомендуемый порог:20
Оба профиля очень хорошие!