Занятие 3:Алгоритмы реконструкции деревьев
1)Укоренение в среднюю точкуУкоренение в среднюю точку не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA, т.к. программа уже выдает укорененное дерево (метод учитывает биологические часы).
Укоренение в среднюю точку нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии, потому что данный метод не учитывает эволюционное расстояние.
Скобочная формула дерева,полученного neighbor-joining:
(RL3_CLOTE:0.34548,(RL3_LACDA:0.21270,((RL3_LACLM:0.09617, (RL3_STRP1:0.04465,RL3_STRPN:0.04465):0.05152):0.06103,(RL3_LISMO:0.13713, (RL3_GEOKA:0.12186,RL3_BACAN:0.12186):0.01527):0.02006):0.05551):0.13278);
Укоренение дерева пограммой retree PHYLIP:
Данное укоренение олностью совпадает с правильным:
2)Использование внешней группы
Выравнивание белков семейства RL3с белком RL3_ECOLI
Полученное дерево,обработанное retree:
Затем вручную был убран лист ECOLI и с помощью программы MEGA получено изображение:
Добавление внешней группы дало еще одно дерево,которое отличается наличием еще одной тривиальной ветви, отеляющей ECOLI.Если убрать этот лист,получается верно дерево.
3)Бутстреп-анализ филогении белков:
+---------------LACLM
+--85.0-|
| | +-------STRPN
+--75.2-| +--83.3-|
| | +-------STRP1
| |
+--42.2-| +-----------------------LACDA
| |
| | +-------GEOKA
+-------| +------------------38.2-|
| | +-------BACAN
| |
| +---------------------------------------CLOTE
|
+-----------------------------------------------LISMO
Улучшилась реконструкция филогении по сравнению с результатом fprotpars.
Верные ветви:
{STRPN,STRP1} vs {LACLM,LACDA,BACAN,GEOKA,LISMO,CLOTE} -поддержка 83.3
{BACAN,GEOKA} vs {STRPN,STRP1,LACLM,LACDA,CLOTE,LISMO} -поддержка 38.2
{STRPN,STRP1,LACLM} vs {LACDA,BACAN,GEOKA,LISMO,CLOTE} -поддержка 85.0
{STRPN,STRP1,LACLM,LACDA} vs {BACAN,GEOKA,LISMO,CLOTE} -поддержка 75.2
Проанализировав в выходном файле ветви, не получившие большинства, я обнаружила еще одну правильную ветвь:
...***** 4.83 = {BACAN,GEOKA,LISMO} vs {STRPN,STRP1,LACLM,LACDA,CLOTE}
Ветвь с поддержкой 42.2 неправильная.