Занятие 4
Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям.Анализ деревьев, содержащих паралоги.
| Бактерия | Мнемоника | START | END | EMBL |
| Bacillus anthracis | BACAN | 4652151 | 4655058 | CP001598 |
| Clostridium tetani | CLOTE | 8715 | 10223 | AE015927 |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA | 2190784 | 2192336 | BA000043 |
| Lactobacillus delbrueckii | LACDA | 1359934 | 1361495 | CR954253 |
| Lactococcus lactis | LACLM | 475434 | 475549 | AP012281 |
| Listeria monocytogenes | LISMO | 1416360 | 1417930 | CP000156 |
| Streptococcus pyogenes | STRP1 | 17043 | 18671 | AM295007 |
| Streptococcus pneumoniae | STRPN | 1871237 | 1872649 | FM211187 |
Выравнивание произведено программой muscle
Для построения дерева сначала была выбрана программа fdnaml.Но следующий результат по-меому мнению оказался слишком недостоверным.
Поэтому я решила воспользоваться алгоритмом UPGMA,на вход которму была выдана матрица расстояний.
правильное дерево:
Правильных ветвей 3:
{STRPN,STRP1} vs {LACLM,LACDA,BACAN,GEOKA,LISMO,CLOTE}
{STRPN,STRP1,LACLM} vs {LACDA,BACAN,GEOKA,LISMO,CLOTE}
{BACAN,GEOKA} vs {STRPN,STRP1,LACLM,LACDA,CLOTE,LISMO}
Неправильная ветвь:
{LACDA,LISMO} vs {BACAN,GEOKA,STRPN,STRP1,LACLM,CLOTE}
В целом,второе дерево,выданное прогораммой UPGMA, более правильное.Сравнивая результаты,полученные по белковой реконструкции деревьев,можно сказать,что она более достоверная,нежели реконструкция по нуклеотидным последовательностям.
2)Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.
Дерево гомлогов белка CLPX_BACSU в отобранных бактериях:
Ортологи:
HSLU_LACDA - HSLU_LISMO;
CPLX_CLOTE - CLPX BACAN;
Паралоги:
CLPX_GEOKA - HSLU_GEOKA
CLPX_BACAN - HSLU_BACAN