Занятие 7
Классификация ферментов (EC)Сбор информации о ферменте SMOX_HUMAN:
ЕС код: 1.5.3.16
Расшифровка ЕС кода:
| EC 1 (класс) |
Oxidoreductases | Оксидоредуктазы (катализ переноса атомов Н и О или электронов с одного субстрата на другой) |
| EC 1.5 (подкласс) |
Acting on the CH-NH group of donors | Активность с группой CH-NH в качестве донора |
| EC 1.5.3 (подподкласс) |
With oxygen as acceptor | с кислородом в качестве акцептора |
| EC 1.5.3.16 (порядковый номер) |
Spermine oxidase | спермин-оксидаза |
Схема реакции, катализируемой ферментом SMOX_HUMAN:
spermine + O2 + H2O = spermidine + 3-aminopropanal + H2O2
Задание2:
1. С помощью SRS были найдены белки класса 1 Mus musculus, всего -543
Последовательности в FASTA-формате
Список белков с указанием ID белка и ЕС-кода
Совпадения по классификации ( команда grep -c):
класс 1. - 543
подкласс 1.5. -37
подподкласс 1.5.3. - 5
полная классификация - 1
С помощью программы blastp было построено выравнивание SMOX_HUMAN с белками из предыдущего задания. Найден 31 белок, но достоверными гомологами можно считать 8.
Сохранение функции в зависимости от позиции находки в выдаче blastp:
| Номер в выдаче blastp | ID белка | функция | E-value | EC-код |
| 1 | SMOX_MOUSE | Spermine oxidase | 0.0 | 1.5.3.16 |
| 2 | PAOX_MOUSE | Peroxisomal N(1)-acetyl-spermine/spermidin... | 1e-101 | 1.5.3.13 |
| 3 | KDM1A_MOUSE | Lysine-specific histone demethylase 1A; | 4e-39 | 1.-.-.- |
| 4 | KDM1B_MOUSE | Lysine-specific histone demethylase 1B; | 3e-29 | 1.-.-.- |
| 5 | AOFB_MOUSE | Amine oxidase [flavin-containing] B; | 1e-06 | 1.4.3.4 |
| 6 | AOFA_MOUSE | Amine oxidase [flavin-containing] A; | 2e-06 | 1.4.3.4 |
| 7 | FMO1_MOUSE | Dimethylaniline monooxygenase [N-oxide-for... | 0.001 | 1.14.13.8 |
| 8 | FMO3_MOUSE | Dimethylaniline monooxygenase [N-oxide-for... | 0.002 | 1.14.13.8 |
| 9 | OXLA_MOUSE | L-amino-acid oxidase; | 0.009 | 1.4.3.2 |
| 10 | PCYOX_MOUSE | Prenylcysteine oxidase; | 0.10 | 1.8.3.5 |
| 11 | AIFM3_MOUSE | Apoptosis-inducing factor 3; | 0.015 | 1.-.-.- |
| 12 | FMO5_MOUSE | Dimethylaniline monooxygenase [N-oxide-for... | 0.018 | 1.14.13.8 |
| 13 | PPOX_MOUSE | Protoporphyrinogen oxidase; | 0.022 | 1.3.3.4 |
| 14 | PCYXL_MOUSE | Prenylcysteine oxidase-like; | 0.023 | 1.8.3.- |
| 15 | FMO2_MOUSE | Dimethylaniline monooxygenase [N-oxide-for... | 0.30 | 1.14.13.81.14.13.8 |
| 16 | DPYD_MOUSE | Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]; | 0.034 | 1.3.1.2 |
| 17 | FMO4_MOUSE | Dimethylaniline monooxygenase [N-oxide-for... | 0.069 | 1.14.13.8 |
| 18 | RNLS_MOUSE | Renalase; | 0.074 | 1.4.-.- |
| 19 | RETST_MOUSE | All-trans-retinol 13,14-reductase; | 0.085 | 1.3.99.23 |
| 20 | M2GD_MOUSE | Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; | 0.44 | 1.5.99.2 |
| 21 | LDHC_MOUSE | L-lactate dehydrogenase C chain; | 0.47 | 1.1.1.27 |
| 22 | ETFD_MOUSE | Electron transfer flavoprotein-ubiquinone ... | 1.2 | 1.5.5.1 |
| 23 | CP19A_MOUSE | Cytochrome P450 19A1; | 1.5 | 1.14.14.1 |
| 24 | LDHA_MOUSE | L-lactate dehydrogenase A chain; | 2.6 | 1.1.1.27 |
| 25 | PXDN_MOUSE | Peroxidasin homolog; | 3.0 | 1.11.1.7 |
| 26 | ERG1_MOUSE | Squalene monooxygenase; | 3.2 | 1.14.13.132 |
| 27 | CHDH_MOUSE | Choline dehydrogenase, mitochondrial; | 3.4 | 1.1.99.1 |
| 28 | PHYD1_MOUSE | Phytanoyl-CoA dioxygenase domain-containi... | 5.0 | 1.-.-.- |
| 29 | PYRD2_MOUSE | Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreduct... | 5.1 | 1.-.-.- |
| 30 | OXDA_MOUSE | D-amino-acid oxidase; | 5.6 | 1.4.3.3 |
| 31 | NNTM_MOUSE | NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial; | 9.1 | 1.6.1.2 |