Работа с PyMol
Оценка взаимодействия белка 1LMPс лигандом:
Выбор места мутации: ASN 59
Эффективность мутации:замена ASN на ARG полностью предотвращает связывание:
Видеоролик: показан мутантный белок (розовый), нормальный белок (желтый) и их совмещение.
Присоединенная флуоресцентная метка TAMRA (синяя)к остатку Tyr 62 (желтый) белка 1LMP через сложноэфирную связь:
Совмещение-команда fuse, выбор ориентации метки (во избежание перекрытия с белком) - команда torsion
Полилейциновая цепочка:
Скрипт
Третичная структура кубана,построенная на основе SMILE нотации и babel :
