Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

1.Энергии 3ёх лучших расположений:


 mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.2      0.000      0.000
   2         -4.2      7.636      9.638
   3         -4.1     15.704     16.871

Все состояния:
lala

2.Докинг с учетом подвижности боковых радикалов белка
Энергии 3ёх лучших расположений:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.4      0.000      0.000
   2         -4.2     16.083     20.089
   3         -4.2     16.992     19.359

Обыкновенный окинг с измененным лигандом

H-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.2      0.000      0.000
   2         -3.9      2.069      2.512
   3         -3.8     11.985     13.391

NH2-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.7      0.000      0.000
   2         -4.5     22.276     23.780
   3         -4.1     12.338     13.691

OH-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.6      0.000      0.000
   2         -4.5     21.308     22.625
   3         -4.4     22.071     23.731

Ph-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.6      0.000      0.000
   2         -5.6      2.393      4.046
   3         -5.3     20.393     21.734

Докинг с подвижными радикалами для новых 3 лигандов (кроме Н):

Ph-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.9      0.000      0.000
   2         -4.8      2.251      3.547
   3         -4.7     13.308     14.974

NH2-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.6      0.000      0.000
   2         -4.6     16.404     18.823
   3         -4.0     15.818     18.716

OH-
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.3      0.000      0.000
   2         -4.3     16.077     19.801
   3         -4.0      2.073      4.267

Лучшая афнность - у лиганда с -Ph вместо метильной группы, худшая - у лиганда с -H. У всех кроме -H афинность лучше, чем у исходного лиганда.
На страницу 6 семестра