Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
Визуализация:
et_an.pdb - вращение отсутствует, небольшие колебания по длинам связей и валентным углам,вероятнее всего описывает при низких температурах;
et_be.pdb - сначала молекула вращается и слегка колеблется,потом амплитуда колебания увеличивается молекула начинает вращаться быстрее;
et_nh.pdb - есть вращение и небольшие колебания по связям,скорее всего и описывает реальное поведение молекулы
et_sd.pdb - случайное перемещение молекулы в пространстве
et_vr.pdb - похож на метод Нуза-Хувера,отличается меньшим вращением и большей амплитудой
На рисунке слева - энергия для каждого состояния, справа - распределение длин связей:
Метод Андерсена:
 
Метод Берендсена:
 
Метод Нуза-Хувера:
 
Метод стохастической молекулярной динамики:
 
Метод "Velocity rescale":
 
Учитывая форму распределения Больцмана и все наблюдения,можно сделать вывод о том, что методы "Velocity rescale" и Нуза-Хувера позволяют наиболее реалистично поддерживать температуру в системе.
|