Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
Заданный белок - LYS_HYACEВыравнивание с известной структурой лизоцима форели
Модифицированный файл выранивания
Скрипт
| Модель | Anomalous bond lengths RMS Z-score, RMS-deviation | Ramachandran plot evaluation Z-score | Anomalous bond angles RMS Z-score, RMS-deviation |
| 1.pdb | 0.917, 0.018 | 0.079 | 1.270, 2.194 |
| 2.pdb | 0.919, 0.018 | -0.085 | 1.358, 2.355 |
| 3.pdb | 0.909, 0.018 | 0.512 | 1.282, 2.247 |
| 4.pdb | 0.920, 0.018 | 0.477 | 1.297, 2.233 |
| 5.pdb | 0.904, 0.018 | -0.072 | 1.303, 2.290 |
Видно, что структуры очень похожи друг на друга, кардинальных различий нет. Отличаются они в основном в петлях. лучшей можно признать 5-ую структуру.
Наложенные структуры полученных моделей:
